Wybór metody leczenia próchnicy zależy od wieku pacjenta oraz stopnia zaawansowania choroby. W jej wczesnym stadium wystarczają zabiegi fluoryzacji kontaktowej oraz lakowania mające na celu wzmocnienie zębów oraz zahamowanie dalszego rozwoju próchnicy.

 Gdy w zębach utworzyły się ubytki próchnicowe, czyli dziury konieczne jest ich dokładne oczyszczenie oraz wypełnienie. Najczęściej stosowaną metodą jest borowanie, czyli oczyszczanie zęba ze zdemineralizowanej warstwy za pomocą małego wiertła. Zwykle przy tym zabiegu stosuje się znieczulenie miejscowe. Kolejnym krokiem jest zaplombowanie dziury, tzw. plombą, która będzie zastępować usuniętą tkankę i chronić wnętrze zęba.

 Inną metodą jest zastosowanie specjalistycznego żelu rozpuszczającego próchnicę, którą po kilku minutach można bezboleśnie zeskrobać z zęba. Zabieg ten jest niestety dość czasochłonny. Na większe ubytki lub te znajdujące się w trudno dostępnych miejscach stosuje się laser o dużej mocy, który wycina zmienioną chorobowo tkankę. Jest to metoda praktycznie bezbolesna, ale wymagająca dobrego sprzętu i doświadczonego stomatologa. Kolejną metodą jest oczyszczanie ubytków a wykorzystaniem sprężonego powietrza. Polega ona na uderzaniu zmienionego miejsca drobinkami materiału ściernego i usuwaniu w ten sposób chorej tkanki zęba.